Dans E. Coli, les molécules d'shARN et d'siARN peuvent être utilisées pour cibler et éliminer des gènes spécifiques. Pour ce faire, on utilise généralement des systèmes d'expression basés sur des plasmides qui permettent l'expression de molécules d'shARN ou d'siARN dans les cellules d'E. coli. Ces molécules peuvent alors se lier à l'ARNm cible et déclencher sa dégradation, ce qui entraîne l'inactivation du gène cible. La technologie ARNi peut également être utilisée dans E. coli grâce à des vecteurs bactériophages conçus pour exprimer des molécules d'shARN ou d'siARN ciblant des gènes spécifiques. L'utilisation de l'shARN, de l'siARN et de l'niARN dans E. coli peut être utile pour étudier la fonction de gènes essentiels et identifier des cibles médicamenteuses potentielles.