La composition des milieux de montage aqueux est basée sur de l'eau distillée. Ils sont utilisés pour faire le montage de coupes de tissus directement après leur coloration lorsque le colorant utilisé est soluble dans l'alcool, le xylène ou d'autres solvants organiques comme par exemple la plupart des colorants des lipides.

Il existe 3 principaux types de milieux de montage aqueux : les sirops, les milieux à base de gélatine et ceux à base de gomme arabique.

Il est conseiller d'utiliser les milieux de montage aqueux lors de l'utilisation de substrats chromogènes de la HRP et de la phosphatase alcaline (comme AEC, DAB, BCIP/NBT) dont les précipités colorés sont solubles dans les solvants organiques, les coupes de tissu ne peuvent donc pas être déshydratées comme le nécessite l'utilisation de milieux de montage anhydre.

Il existe des milieux de montage permanents et non permanents. Les milieux de montage permanent sont des milieux de montage qui peuvent être utilisés pour le stockage à long terme des coupes de tissus colorées.