En présente de phosphatase alkaline, le substrat Permanent Red produit un précipité rouge vif au niveau du site de réaction avec l'enzyme sur les tissus et les cellules. Le précipité produit est insoluble dans l'alcool et les autres solvants organiques, il est donc possible de déshydrater les lames avec des bains d'alcool successifs et d'utiliser un milieu de montage organique (non aqueux).

Ce substrat est principalement utilisé pour les techniques d'immunohistochimie et d'hybridation in situ. 

L'apparition de la coloration peut être suivie par observation au microscope optique mais également au microscope à fluorescence puisque le précipité produit émet une fluorescence dans l'infrarouge (il faut utiliser les mêmes filtres que pour la Rhodamine ou le Texas Red).