L’électrophorèse des protéines sur gel peut se faire sur gel d’agarose ou sur gel d’acrylamide, ce type d’électrophorèse est également appelée PAGE. Le gel d’acrylamide est un gel réticulé fabriqué en mélangeant de l’acrylamide qui polymérise sous l’action du TEMED et le persulfate d’ammonium, ce qui donne un réseau de mailles plus ou moins dense en fonction des proportions d'acrylamide et de bis-acrylamide utilisées ,le gel obtenu se comporte donc comme un tamis moléculaire. Le pourcentage d’acrylamide peut être le même dans tout le gel ou il est également possible de fabriquer un gel avec un gradient (pourcentage graduel sur la longueur du gel). Les gels avec des mailles lâches et donc des pores de grande taille (entre 4 et 8% d’acrylamide) permettent aux protéines de fort poids moléculaire de migrer plus facilement alors que les gels avec des mailles serrées donc des pores de petite taille (12 à 20% d’acrylamide) limitent leur migration. Les gels en gradient vont permettre donc d’avoir une bonne résolution de séparation à la fois pour les petites et pour les grandes protéines.